Начальником Департамента назначен Виктор Васильевич Грачев, который следующие 16 лет его возглавлял уже в статусе заместителя Губернатора области. Именно Виктор Грачев разработал и усовершенствовал систему управления лесами региона, которая неоднократно признавалась экспертами эффективной и оптимальной. Также особое внимание уделялось взаимосвязи предприятий лесной промышленности и лесного хозяйства, чтобы реализовать стратегию комплексного освоения лесов. Именно в первое десятилетие работы департамента был достигнут «рывок» в развитии глубокой переработки и это позволило переломить советскую тенденцию экспорта круглых лесоматериалов.
В 2000-е годы была заложена основа лесопромышленного потенциала региона и сформирован высокопрофессиональный состав директоров предприятий и лесхозов. Сформирована команда, которая на протяжении многих лет завоевала авторитет среди лесников России.
Вячеслав Позгалев, председатель Экспертного совета по вопросам ЛПК Комитета по промышленности Государственной Думы: «У нас была цель — организовать лесопромышленный комплекс и уже тогда поддержать и переработку, и дать толчок инвестиционному развитию отрасли. В „ручном режиме“ мы работали с проблемными предприятиями, которые не вылезали из бесконечных забастовок, искали для них рынки сбыта. Да, структура менялась, но она позволила пережить два экономических кризиса и не скатиться в нелегальный оборот. Нам многое удалось. И наладить экономические основы взаимодействия лесного хозяйства и лесной промышленности. И сохранить леса от пожаров. И основать первые и высокоэффективные вертикально-интегрированные холдинги. Затем началось сотрудничество с европейскими странами и развитие совместных предприятий, стала совершенствоваться нормативная база в сфере охраны и воспроизводства лесов. Тогда же была сформирована и ныне действующая система лесхозов».
В то время аналогов департаменту в ЛПК России тогда не было — это был первый в стране государственный орган в структуре региональной исполнительной власти пореформенного периода.
Позднее, по примеру вологжан, аналогичные государственные структуры стали создавать и других лесные регионы страны. Вологодский департамент лесного комплекса оказался первопроходцем. Потом его документы по запросам из регионов отправлялись в Архангельск, Кострому, Киров, в другие области и республики, где стали создаваться аналогичные структуры.
Лесопромышленный комплекс является одной из важнейших отраслей экономики Вологодской области. Сегодня он стабильно развивается, наращивает объемы производства, успешно решает главные стратегические задачи, занимает ведущие позиции среди регионов России.
В настоящее время Департамент является учредителем 8 подведомственных учреждений. Общая штатная численность Департамента и подведомственных ему учреждений составляет более 2,7 тысяч человек во всех районах области.